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公元2000年，南极发生了大爆炸，冰封的大陆在一瞬间融化，引起世界海洋水位上涨甚至海啸，淹没了地球上的很大一部分陆地，随后，内战、民族纷争、自然灾害接踵而来，人类因此灭亡了一半。这次灾难被称为 “第二次冲击”（The Second Impact)。在圣经《创世纪》记载中，神用洪水毁灭一切生物，只是指示挪亚制造方舟带上一家人和地球上的部分生物以重建家园，这被称为“第一次冲击”。联合国对外界说是外星来的巨大陨石撞击，其实是葛城探险队在南极意外地发现了亚当（第一使徒）的胚胎，结果因故发生大爆炸. V> a*3D  
    公元2015年，一个巨大的人型生物在日本登陆。出动的国联军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但就连最新的兵器“N2地雷”，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为碇真嗣的少年被其父源堂呼唤至第三新东京市地下的NERV本部。碇真嗣和身为NERV司令官的父亲碇元渡有十年的时间都不在一起，面对许久不见的儿子，碇司官所说的只是∶“坐上EVA。"消极的少年拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定......